La saison 2006 du championnat du Kazakhstan de football était la 15e édition de la première division kazakhe, la Super-Liga. Les seize meilleures équipes du pays sont regroupées au sein d'une poule unique, où tous les clubs s'affrontent en matchs aller et retour. À la fin du championnat, les deux derniers sont relégués et remplacés par les deux meilleures équipes de Perveja Liga, la deuxième division kazakhe.
C'est le FC Astana qui décroche le 3e titre de champion du Kazakhstan de son histoire en terminant en tête du classement final, avec 4 points d'avance sur le tenant du titre, le FC Aktobe et 8 sur le FC Tobol Koustanaï. Le club manque de peu le doublé, il perd en finale de la Coupe du Kazakhstan après prolongations face au FC Almaty.