La saison 2006 du Championnat de Lituanie de football était la 17e édition de la première division lituanienne. Les 10 meilleurs clubs du pays sont regroupés en une poule unique où chaque équipe rencontre quatre fois ses adversaires, deux fois à domicile et deux fois à l'extérieur.
Le FBK Kaunas, dépossédé de son titre la saison dernière, termine en tête du championnat cette saison. C'est le 7e titre de champion de Lituanie de son histoire.
Le 9e de première division joue sa place en élite face au 7e de deuxième division (et 2e club autorisé à monter) lors de matchs disputés en aller et retour.
Interas Visaginas s'impose aux tirs au but 4-3 et est promu en A-Lyga, tandis que le FK Siluté est rétrogradé en deuxième division. Cependant, à la suite de la non-qualification de l'autre promu, l'Alytis Alytus, le FK Siluté est repêché et se maintient en première division.