RXRA

Наявні структури

Пошук ортологів: PDBe RCSB

Список кодів PDB

1BY4, 1DSZ, 1FBY, 1FM6, 1FM9, 1G1U, 1G5Y, 1K74, 1LBD, 1MV9, 1MVC, 1MZN, 1R0N, 1RDT, 1RXR, 1XLS, 1XV9, 1XVP, 1YNW, 2ACL, 2NLL, 2P1T, 2P1U, 2P1V, 2ZXZ, 2ZY0, 3DZU, 3DZY, 3E00, 3E94, 3FAL, 3FC6, 3FUG, 3H0A, 3KWY, 3NSP, 3NSQ, 3OAP, 3OZJ, 3PCU, 3R29, 3R2A, 3R5M, 3UVV, 4CN2, 4CN3, 4CN5, 4CN7, 4J5W, 4J5X, 4K4J, 4K6I, 4M8E, 4M8H, 4N5G, 4N8R, 4NQA, 4OC7, 4POH, 4POJ, 4PP3, 4PP5, 4RFW, 4RMC, 4RMD, 4RME, 4ZO1, 5EC9, 4ZSH

Ідентифікатори

Символи

RXRA, NR2B1, Retinoid X receptor alpha, RXR-alpha, RXRalpha

Зовнішні ІД

OMIM: 180245 MGI: 98214 HomoloGene: 2220 GeneCards: RXRA

Реагує на сполуку

alitretinoin, bexarotene^[1]

Онтологія гена
Молекулярна функція	• DNA binding • sequence-specific DNA binding • RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding • GO:0001131, GO:0001151, GO:0001130, GO:0001204 DNA-binding transcription factor activity • vitamin D response element binding • GO:0001105 transcription coactivator activity • transcription factor binding • retinoic acid-responsive element binding • зв'язування з іоном металу • steroid hormone receptor activity • GO:0038050, GO:0004886, GO:0038051 nuclear receptor activity • GO:0001948, GO:0016582 protein binding • protein heterodimerization activity • enzyme binding • chromatin DNA binding • vitamin D receptor binding • retinoic acid binding • double-stranded DNA binding • zinc ion binding • nuclear receptor binding • пептидний зв'язок • DNA binding domain binding • LBD domain binding • GO:0001200, GO:0001133, GO:0001201 DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific • signaling receptor activity
Клітинна компонента	• receptor complex • нуклеоплазма • RNA polymerase II transcription regulator complex • клітинне ядро • GO:0009327 protein-containing complex
Біологічний процес	• steroid hormone mediated signaling pathway • regulation of branching involved in prostate gland morphogenesis • GO:0009373 regulation of transcription, DNA-templated • placenta development • peroxisome proliferator activated receptor signaling pathway • GO:0044324, GO:0003256, GO:1901213, GO:0046019, GO:0046020, GO:1900094, GO:0061216, GO:0060994, GO:1902064, GO:0003258, GO:0072212 regulation of transcription by RNA polymerase II • cholesterol metabolic process • in utero embryonic development • GO:1901227 negative regulation of transcription by RNA polymerase II • cardiac muscle cell proliferation • secretory columnal luminar epithelial cell differentiation involved in prostate glandular acinus development • transcription, DNA-templated • GO:0060469, GO:0009371 positive regulation of transcription, DNA-templated • ventricular cardiac muscle tissue morphogenesis • heart development • retinoic acid receptor signaling pathway • maternal placenta development • modulation by virus of host process • vitamin metabolic process • bile acid and bile salt transport • ventricular cardiac muscle cell differentiation • camera-type eye development • GO:0022415 viral process • protein homotetramerization • transcription initiation from RNA polymerase II promoter • embryo implantation • positive regulation of translational initiation by iron • GO:0003257, GO:0010735, GO:1901228, GO:1900622, GO:1904488 positive regulation of transcription by RNA polymerase II • GO:0007329 positive regulation of transcription from RNA polymerase II promoter involved in cellular response to chemical stimulus • response to retinoic acid • regulation of lipid metabolic process
Джерела:Amigo / QuickGO

Шаблон експресії

Більше даних

Ортологи

Види

Людина

Миша

Entrez


6256


20181

Ensembl


ENSG00000186350


ENSMUSG00000015846

UniProt


P19793


P28700

RefSeq (мРНК)


NM_002957 NM_001291920 NM_001291921


NM_001290481 NM_001290482 NM_011305

RefSeq (білок)


NP_001278849 NP_001278850 NP_002948


NP_001277410 NP_001277411 NP_035435

Локус (UCSC)

Хр. 9: 134.32 – 134.44 Mb

Хр. 2: 27.57 – 27.65 Mb

PubMed search

^[2]

^[3]

Вікідані

Див./Ред. для людей

Див./Ред. для мишей

RXRA (англ. Retinoid X receptor alpha) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 9-ї хромосоми.^[4] Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 462 амінокислот, а молекулярна маса — 50 811^[5].

Послідовність амінокислот

10	20	30	40	50
MDTKHFLPLD	FSTQVNSSLT	SPTGRGSMAA	PSLHPSLGPG	IGSPGQLHSP
ISTLSSPING	MGPPFSVISS	PMGPHSMSVP	TTPTLGFSTG	SPQLSSPMNP
VSSSEDIKPP	LGLNGVLKVP	AHPSGNMASF	TKHICAICGD	RSSGKHYGVY
SCEGCKGFFK	RTVRKDLTYT	CRDNKDCLID	KRQRNRCQYC	RYQKCLAMGM
KREAVQEERQ	RGKDRNENEV	ESTSSANEDM	PVERILEAEL	AVEPKTETYV
EANMGLNPSS	PNDPVTNICQ	AADKQLFTLV	EWAKRIPHFS	ELPLDDQVIL
LRAGWNELLI	ASFSHRSIAV	KDGILLATGL	HVHRNSAHSA	GVGAIFDRVL
TELVSKMRDM	QMDKTELGCL	RAIVLFNPDS	KGLSNPAEVE	ALREKVYASL
EAYCKHKYPE	QPGRFAKLLL	RLPALRSIGL	KCLEHLFFFK	LIGDTPIDTF
LMEMLEAPHQ	MT

A: Аланін
C: Цистеїн
D: Аспарагінова кислота
E: Глутамінова кислота
F: Фенілаланін
G: Гліцин
H: Гістидин
I: Ізолейцин
K: Лізин
L: Лейцин
M: Метіонін
N: Аспарагін
P: Пролін
Q: Глутамін
R: Аргінін
S: Серин
T: Треонін
V: Валін
W: Триптофан

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функціями належить до рецепторів, фосфопротеїнів. Задіяний у таких біологічних процесах, як взаємодія хазяїн-вірус, транскрипція, регуляція транскрипції, альтернативний сплайсинг. Білок має сайт для зв'язування з іонами металів, іоном цинку, ДНК. Локалізований у ядрі.

Література

Mangelsdorf D.J., Ong E.S., Dyck J.A., Evans R.M. (1990). Nuclear receptor that identifies a novel retinoic acid response pathway. Nature. 345: 224—229. PMID 2159111 DOI:10.1038/345224a0
Kobayashi T., Kodani Y., Nozawa A., Endo Y., Sawasaki T. (2008). DNA-binding profiling of human hormone nuclear receptors via fluorescence correlation spectroscopy in a cell-free system. FEBS Lett. 582: 2737—2744. PMID 18619963 DOI:10.1016/j.febslet.2008.07.003
The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504
Gorla-Bajszczak A., Juge-Aubry C., Pernin A., Burger A.G., Meier C.A. (1999). Conserved amino acids in the ligand-binding and tau(i) domains of the peroxisome proliferator-activated receptor alpha are necessary for heterodimerization with RXR. Mol. Cell. Endocrinol. 147: 37—47. PMID 10195690 DOI:10.1016/S0303-7207(98)00217-2
Harish S., Ashok M.S., Khanam T., Rangarajan P.N. (2000). Serine 27, a human retinoid X receptor alpha residue, phosphorylated by protein kinase A is essential for cyclicAMP-mediated downregulation of RXRalpha function. Biochem. Biophys. Res. Commun. 279: 853—857. PMID 11162439 DOI:10.1006/bbrc.2000.4043
Mathur M., Tucker P.W., Samuels H.H. (2001). PSF is a novel corepressor that mediates its effect through Sin3A and the DNA binding domain of nuclear hormone receptors. Mol. Cell. Biol. 21: 2298—2311. PMID 11259580 DOI:10.1128/MCB.21.7.2298-2311.2001

Примітки

↑ Сполуки, які фізично взаємодіють з Retinoid X receptor alpha переглянути/редагувати посилання на ВікіДаних.
↑ Human PubMed Reference:.
↑ Mouse PubMed Reference:.
↑ HUGO Gene Nomenclature Commitee, HGNC:10477 (англ.) . Процитовано 8 вересня 2017.
↑ UniProt, P19793 (англ.) . Архів оригіналу за 11 вересня 2017. Процитовано 8 вересня 2017.

Див. також

Хромосома 9

Це незавершена стаття про білки.
Ви можете допомогти проєкту, виправивши або дописавши її.

Портал «Біологія» Портал «Хімія»

Фактори транскрипції та внутрішньоклітинні рецептори

(1) Основні домени

(1.1) Лейцинова застібка (bZIP)	Фактори актривації транскрипції AATF 1 2 3 4 5 6 7 AP-1 c-Fos FOSB FOSL1 FOSL2 JDP2 c-Jun JUNB JUND BACH 1 2 BATF BLZF1 C/EBP α β γ δ ε ζ CREB 1 3 L1 CREM DBP DDIT3 GABPA GCN4 HLF MAF B F G K NFE 2 L1 L2 L3 NFIL3 NRL NRF 1 2 3 XBP1

(1.2) Спіраль-петля-спіраль (bHLH)	ATOH1 AHR AHRR ARNT ASCL1 BHLH 2 3 9 ARNTL ARNTL ARNTL2 CLOCK EPAS1 FIGLA HAND 1 2 HES 5 6 HEY 1 2 L HES1 HIF 1A 3A ID 1 2 3 4 LYL1 MESP2 MXD4 MYCL MYCN Міогенні фактори MyoD MYOG MYF5 MYF6 Нейрогеніни 1 2 3 НейроD 1 2 NPAS 1 2 3 OLIG 1 2 SIM 1 2 TAL 1 2 TWIST1 USF1

(1.3) Спіраль-петля-спіраль / Лейцинова застібка (bHLH-ZIP)	AP-4 MAX MXD1 MXD3 MITF MNT MLX MLXIPL MXI1 Myc SREBP 1 2

(1.4) NF-1	NFI A B C X SMAD R-SMAD 1 2 3 5 9 I-SMAD 6 7 4)

(1.5) RF-X	RFX 1 2 3 4 5 6 ANK

(1.6) Спіраль-інтервал-спіраль (bHSH)	AP-2 α β γ δ ε

(2) Цинк-координовані домени ДНК

(2.1)Ядерні рецептори з цинковими пальцями (Cys₄)

підродина 1	Тиреоїдний гормон α β CAR FXR LXR α β PPAR α β/δ γ PXR RAR α β γ ROR α β γ Rev-ErbA α β VDR

підродина 2	COUP-TF I II Ear-2 HNF4 α γ PNR RXR α β γ Тестикулярні рецептори 2 4 TLX

підродина 3	Стероїдні гормони Андроген Естроген α β Глюкокортикоїди Мінералокортикоїди Прогестерон Естроген-зв'язувальні α β γ

підродина 4	NUR NGFIB NOR1 NURR1

підродина 5	LRH-1 SF1

підродина 6	GCNF

підродина 0	DAX1 SHP

(2.2) Інші цинкові пальці Cys₄

GATA
- 1
- 2
- 3
- 4
- 5
- 6
MTA
- 1
- 2
- 3
TRPS1

(2.3) Cys₂His₂ з доменом цинкових пальців

Загальні фактори транскрипції
- TFIIA
  - 1
  - 2
- TFIIB
- TFIID
  - TBP
    - L1
    - L2
  - TAF
    - 1
    - 2
    - 3
    - 4
    - 4B
    - 5
    - 6
    - 7
    - 8
    - 9
    - 9B
    - 10
    - 11
    - 12
    - 13
    - 15
- TFIIE
  - 1
  - 2
- TFIIF
  - 1
  - 2
- TFIIH
  - 1
  - 2
  - 4
  - 2I
  - 3A
  - 3C1
  - 3C2

ATBF1
BCL
- 1
- 2
- 3
- 5
- 6
- 6B
- 7A
- 7B
- 7C
- 8
- 9
- 10
- 11A
- 11B
CTCF
E4F1
EGR
- 1
- 2
- 3
- 4
ERV3
GFI1
GLI
- 1
- 2
- 3
- REST
- S1
- S2
- YY1
HIC
- 1
- 2
HIVEP
- 1
- 2
- 3
IKZF
- 1
- 2
- 3
ILF
- 2
- 3
KLF
- 1
- 2
- 3
- 4
- 5
- 6
- 7
- 8
- 9
- 10
- 11
- 12
- 13
- 14
- 15
- 17
MTF1
MYT1
OSR1
PRDM9
SALL
- 1
- 2
- 3
- 4
SP
- 1
- 2
- 4
- 7
- 8
TSHZ3
WT1
Zbtb7
- 7A
- 7B
ZBTB
- 11
- 16
- 17
- 20
- 32
- 33
- 40
цинкові пальці
- 3
- 7
- 9
- 10
- 19
- 22
- 24
- 33B
- 34
- 35
- 41
- 43
- 44
- 51
- 74
- 143
- 146
- 148
- 165
- 202
- 217
- 219
- 238
- 239
- 259
- 267
- 268
- 281
- 295
- 300
- 318
- 330
- 346
- 350
- 365
- 366
- 384
- 423
- 451
- 452
- 471
- 593
- 638
- 644
- 649
- 655

(2.4) Cys₆ цистеїн-цинковий кластер

HIVEP1

(2.5) Цинкові пальці іншого складу

AIRE
DIDO1
GRLF1
ING
- 1
- 2
- 3
- 4
- 5
JARID
- 1A
- 1B
- 1C
- 1D
- 2
JMJD1B

(2.6) WRKY

WRKY

(3) Домени спіраль-поворот-спіраль

(3.1) Гомеобокс	ARX CDX 1 2 CRX CUTL1 DBX 1 2 DLX 1 2 3 4 5 6 EMX 1 2 EN 1 2 FHL 1 2 3 HESX1 HHEX HLX Гомеобокс A1 A2 A3 A4 A5 A7 A9 A10 A11 A13 B1 B2 B3 B4 B5 B6 B7 B8 B9 B13 C4 C5 C6 C8 C9 C10 C11 C12 C13 D1 D3 D4 D8 D9 D10 D11 D12 D13 HOPX IRX 1 2 3 4 5 6 MKX LMX 1A 1B MEIS 1 2 MEOX2 MNX1 MSX 1 2 NANOG NKX 2-1 2-2 2-3 2-5 3-1 3-2 6-1 6-2 NOBOX PBX 1 2 3 PHF 1 3 6 8 10 16 17 20 21A PHOX 2A 2B PITX 1 2 3 POU PIT-1 BRN-3 A B C Oct 1 2 3/4 6 7 11 OTX 1 2 PDX1 SATB2 SHOX2 SIX 1 2 3 4 5 VAX1 ZEB 1 2

(3.2) Парний бокс	PAX 1 2 3 4 5 6 7 8 9 PRRX 1 2 RAX

(3.3) Вилкова головка / Крилата спіраль	E2F 1 2 3 4 5 FOX A1 A2 A3 C1 C2 D3 D4 E1 E3 F1 G1 H1 I1 J1 J2 K1 K2 L2 M1 N1 N3 O1 O3 O4 P1 P2 P3 P4

(3.4) Фактори теплового шоку	HSF 1 2 4

(3.5) Триптофановий кластер	ELF 2 4 5 EHF ELK 1 3 4 ERF ETS 1 2 ERG SPIB ETV 1 2 3 4 5 6 FLI1 IRF 1 2 3 4 5 6 7 8 MYB MYBL2

(3.6) Домен транскрипційний енхансер	TEA 1 2 3 4

(4) Бета-складчасті фактори з незначним жолобковим контактом

(4.1) RHR	NF-κB NFKB1 NFKB2 REL RELA RELB NFAT C1 C2 C3 C4 5

(4.2) STAT	STAT^[en] 1 2 3 4 5 A B 6

(4.3) p53	p53 TBX 1 2 3 5 19 21 22 TBR1 TBR2 TFT MYRF TP63

(4.4) MADS	Mef2 A B C D SRF

(4.6) TATA	TBP TBPL1

(4.7) Високомобільна група	BBX HMGB 1 2 3 4 HMGN 1 2 3 4 HNF 1A 1B LEF1 SOX 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 17 18 21 30 SRY SSRP1 TCF 3 4 TOX 1 2 3 4

(4.9) Grainyhead	TFCP2

(4.10) Домен холодового шоку	CSDA YBX1

(4.11) Runt	CBF CBFA2T2 CBFA2T3 RUNX1 RUNX2 RUNX3 RUNX1T1

(0) Інші фактори транскрипції

(0.2) HMGI(Y)	HMGA 1 2 HBP1

(0.3) Pocket домен	Rb RBL1 RBL2

(0.5) AP2/EREBP-подібні	AP2 EREBP B3

(0.6) Інші	ARID 1A 1B 2 3A 3B 4A CAP IFI 16 35 MLL 2 3 T1 MNDA NFY A B C Ро/Сигма