構造バイオインフォマティクス

構造バイオインフォマティクス（こうぞうバイオインフォマティクス、英: Structural bioinformatics）は、タンパク質など生体高分子の三次元構造を分析または予想するバイオインフォマティクスの一分野。この用語に見られる構造という表現は構造生物学のそれと同義であり、構造バイオインフォマティクスを計算構造生物学と看做すことも可能である。

参考文献

  • Bourne, Weissig (2003) Structural Bioinformatics, Wiley ISBN 0-471-20199-5
  • Richardson, J.S. (1981) "The anatomy and taxonomy of protein structure". Adv. Protein Chem., 34, 167-339.
  • G.N. Ramachandran, C. Ramakrishnan, and V. Sasisekharan. "Stereochemistry of polypeptide chain configurations". J. Mol. Biol., 7:95-9, 1963.
  • G.N. Ramachandran and V. Sasisekharan. "Conformation of polypeptides and proteins". Adv. Protein Chem., 23:283-438, 1968.

関連項目

外部リンク

データベース

  • MMDB
  • SCOP

ソフトウェア

  • STING
  • PyMOL viewer
  • VMD viewer
  • MolMol viewer
  • SPDBV DeepView viewer
  • STRIDE
  • PROCHECK, a web service
  • iMolTalk, a web service
  • Jmol, a molecular viewer Java applet with rasmol-like scripting capabilities and Javascript interaction
  • PROPKA, rapid prediction of protein pKa values based on empirical structure/function relationships
  • CARA - Computer Aided Resonance Assignment
  • StarBiochem, a java protein viewer, features direct search of protein databank
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